《万历十五年》并非只写万历十五年这一年的故事，也并非只写万历年间的故事。作者借万历十五年这发生的看似琐碎的事情作为线索展开叙述，全面展示了明代万历年间从皇帝到官员国家暗藏的症结，显示了在落后的制度里无论怎样的个人，身处何等位置，做出怎样的努力，无论是他个人，还是他所想改变和摆脱的社会环境，都被沉重的制度牢牢禁锢着，让个人成为了这制度的牺牲品。个人已无法做出任何改变，这制度让中国几乎停滞不前，甚至无法跟上白山黑水边上一个游牧民族的节奏，明王朝已走到沉没的边缘，落日余辉，败落已经是无可逆转的事了。
全书第一章从皇帝自小被安排好的成长环境和聪颖好学写起，他却最终清算了自己的老师和首辅张居正，想获得自主的权力，最后发现皇帝只不过是一切祖训和旧制度的执行者而已，并不能决定国家的方向。第二章，继任首辅申时行努力在皇帝与文官集团之间折中劝和，小心谨慎地维持文官集团内部的平衡，使国家机构能够正常运转，这种过于保守的施政策略使国家发展陷于停滞。第三章，皇帝为立储一事与群臣互不相让，在认识到无法实现个人意志后，对朝廷官员采取疏远、消极应付的态度，由此带来的后果就是百官失去了效忠的意义，也采取消极敷衍的做事态度。第四章进一步借内外政的大事表明了皇帝不能以个人意志做出决定而实际决定于群臣，活着的皇帝个人和他已死去的祖宗没什么区别。第五章清官海瑞希望恢复洪武皇帝时的制度和风气，然而这样做无疑与社会时代相悖离，虽然道德值得敬佩但无法真正施行。第六章从一代抗倭名将戚继光的角度叙述了明朝武官处于被文官压制的境地，而无法有所作为。第六章社会名人李贽的思想与社会的冲突，其实是儒家内部思想派生出的心学与传统朱熹理学的对立，然而李贽的思想虽然批判时弊，但并不能建立新的思想体系，故而本质上无法改变社会反而显得自相矛盾。
在叙述时，作者作者选择的人物很具代表性，他们看起来都认识到了帝国前进与滞后的碰撞中出现的问题，也曾满腔热情试图扭转帝国的命运。但无论是坚持道德的力量维持传统，亦或是某种程度追求自由和变革，结果对于个人命运或者追求来说都是失败的。因为单凭一己之力无法对抗制度，每个人都是制度链条中的一分子，当他想改变这链条时，他无疑会被链条上的其他人所残酷打压，维持守旧平衡的集体力量是强大的，而想阻挡时代的前进也是个人办不到的。因此即使某个人意识到了现实与社会制度的格格不入，他也无法把自己的想法付诸实际，只能感受着社会的暗流涌动而束手无策。
黄仁宇先生的“大历史观”强调背景和事件发生的众多原因的联系和因果关系。一个历史事件的出现，是经历无数先决条件量变到质变的变化过程作者认为，封建王朝以道德代替法制，是一切问题的症结。写作本书的目的，也重在说明这一看法。作者在书中末段指出：“当一个人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能补助技术之不及。”作者一语点出明朝晚期的症结所在，这正是大明王朝乃至所有的封建王朝晚期需要改革的地方。
革新才能引导潮流，空谈误国，实干兴邦。我们的政府在反腐败的工作中不仅要提高官员道德，而且要完善制度，建立制度的制约，否则，道德就变成伪道德，中华民族就无法屹立于世界民族之林。我们要吸取历史教训，建立以法律为基础，同时强调道德的制度，让权力有制约、道德变成真道德。
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