政府收支分类改革对事业单位财务管理产生的影响包括以下方面：
第一，清除了预算、核算和决算一体化的障碍。预算、核算、决算一体化是公共财政体制下未来政府财务管理的必然趋势，但长期以来，由于各种制度、体制、管理、技术等原因，政府财政管理、部门内部的预算、核算、决算存在两张皮现象，导致一系列财务管理的问题。国家目前大力推进的部门预算、国库集中支付、政府采购等管理改革，已经为预算、核算和决算创造了有利条件，本次政府收支分类改革，可以说是从制度上彻底地消除了预算、核算和决算一体化的障碍，从技术上实现预算、核算和决算一体化成为可能。
第二，有利于实现政府预算收入的完整性。虽然实行部门预算后，事业单位已经实行大收大支的预算体系，但上报人大审批的政府预算一般只包括一般预算收支和政府性基金，实行新的政府收支分类改革将预算外资金和社会保障基金纳入政府收入体系，有利事业单位加强非税收入的管理。
第三，为细化部门预算提供了重要条件。单设支出经济分类对进一步规范预算管理具有十分重要的意义。改革后的支出经济分类可以更加全面、明晰地反映支出情况。在编制部门预算时，每一笔支出都同时列在功能支出和经济支出的框架中，这种三维结构体系可以清楚看出这个部门做了哪些事，钱花在了哪些方面。改革后的功能分类，详细列举了“一般公共服务”、“外交”、“国防”、“公共安全”、“教育”、“科学技术”、“文化体育与传媒”、“社会保障和就业”、“社会保障基金支出”、“医疗卫生”、“环境保护”等科目设置，明确界定了公共支出的职责和供给范围，剔除了那些市场能够提供的支出，增加了应由政府负责支出的项目。
第四，有利于提高事业单位会计核算。为适应政府收支分类改革的需要，根据《财政部关于印发政府收支分类改革方案的通知》(财预[2006]13号)，事业单位有关会计核算调整内容如下：在“财政补助收入”科目下设置“基本支出”和“项目支出”二级明细科目，并在二级明细科目下按照《2007年政府收支分类科目》中“支出功能分类科目”的“项”级科目设置明细账，进行明细核算;在“事业支出”科目下设置“基本支出”和“项目支出”二级明细科目，并在二级明细科目下按照《2007年政府收支分类科目》中“支出经济分类科目”的“款”级科目设置明细账，进行明细核算。其他执行行业会计制度的事业单位，按照上述方法进行相应调整，同时，事业单位应设置“财政拨款支出备查簿”，逐笔登记每一项财政拨款支出的具体情况，并反映每个会计期末的财政拨款结余情况。此外新的支出经济分类新增了基本建设支出，反映各级发展与改革部门集中安排的用于购置固定资产、战略性和应急性储备、土地和无形资产以及购建基础设施、大型修缮所发生的支出;新增其他资本性支出，用于反映非各级发展与改革部门集中安排的用于购置固定资产、战略性和应急性储备、土地和无形资产以及购建基础设施、大型修缮所发生的支出和财政支持企业更新改造所发生的支出，将经常性支出和资本性支出加以区分，这就为建设单位会计账套并入事业单位会计账套提供了条件，有利于提高事业单位会计核算，合理统筹安排各项资金，提高资金的使用效益。再者新的政府收支为引进权责发生制在事业单位的非经营性收支核算中的应用提供了基础。
基于以上分析，事业单位应进一步转变理念，加强财务管理，引进新的预算编制方法;加强收支预测，建立绩效评价体系，提高资金的使用效益;进一步细化预算编制，建立科学合理的预算指标体系;努力提高预算的科学性和可操作性。通过细化预算，将所有的预算指标都核定到具体项目，使大家清楚要办哪些事，用多少钱，怎么用钱，做到责权利相统一，进一步细化预算执行，按经济性质分类科目执行，预算执行调整机制的建立。加强对事业单位会计人员的培训工作，提高管理水平，促使会计人员由注重财务核算管理向提高预算管理水平转变。
