安全密帐案
　　2012年8月10日，台北地方法院审理“安全密帐案”，李登辉首次以被告身份出庭。他说，本案起诉后等了一年多，终于有机会出庭说明。
　　李登辉以闽南语表示，为了出庭很早起床，昨晚也睡得很饱。媒体询问他是否自认无罪？他说要看法官如何认定，本案起诉后他等了一年多，今天终于有机会出庭，等开完庭后会说明。
　　2011年6月以李登辉、台湾综合研究院创办人刘泰英等涉嫌侵占密帐公款779万多美元，透过洗钱后，购买台湾综合研究院办公室及支付开销，依贪污、洗钱等罪起诉两人。
　　李登辉过去曾因台当局前“国安局”会计长徐炳强被控“安全密帐案”，以证人身份到台北地院作证。刘泰英被控“新瑞都案”，李登辉也被法院传唤作证。
　　2013年11月15日，据台湾“中央社”报道，台湾当局前领导人李登辉涉“国安密帐”案，台北地方法院15日一审判决李登辉无罪，同案被告刘泰英有期徒刑2年8个月，剥夺政治权利3年。全案可上诉。
　　“最高检察署特侦组”2日表示，对无罪判决部分，提起上诉。
　　特侦组在2011年间认定李登辉、刘泰英涉侵占密帐公款779万多美元，透过洗钱购买台湾综合研究院办公室及支付开销，依贪污、洗钱等罪起诉两人。
　　台北地方法院2013年11月15日判决李登辉无罪，同桉被告刘泰英有期徒刑2年8个月，褫夺公权3年。全案可上诉。
　　特侦组指出，检方于2013年11月22日收受判决正本后，特侦组承办检察官与台北地检署莅庭检察官等人于会商研议后，均认就原审判决无罪部分均应提起上诉。

身世成谜
　　李登辉的“身世之谜”在政坛传闻已久，却始终未获得证实。不过，台“监察院”2013年初通过一份调查报告中，记录学者戚嘉林在接受“监委”访谈时，曾提及李登辉“他应该是日本人的私生子没有错”等语，成为台当局文件中谈论李登辉身世的首例。
　　李登辉父李金龙，母江锦，李登辉为次子，上有年长两岁的哥哥李登钦。