自5月底全面动工至7月下旬，除齐东县因受蒋军进攻占领中途停工外，其余各县基本完工。共修做土方155.02万立方米，修险用砖石2000立方米。将失修破坏达九年的残堤恢复原状，并普遍加高1米。新修五甲杨险工套堤，开挖张肖堂、马扎子、纸房、小街等处引河，迎接黄河水归故。
1946年6月，国民党政府开始了对解放区的全面进攻。为了最大限度地维护下游人民的利益，我党在进行自卫反击的同时，仍就堵口工程一事与国民党当局进行谈判。在谈判过程中，经过我方据理力争，最后在7月22日签署了《上海协议》。国民党当局有关方面被迫承诺为复堤工程向解放区支付